charleshahn | Agent Skills

protein_analysis

蛋白质 MD 模拟的高级分析，包括周期性边界条件校正、动态互相关矩阵（DCCM）、残基距离接触矩阵（RDCM）、主成分分析（PCA）和自由能形貌图（FEL）。使用此技能来指导蛋白质模拟后的数据分析流程。当用户需要进行蛋白质 MD 分析、计算相关性矩阵、执行 PCA 或绘制自由能形貌图时调用此技能。

DuIvyTools 是一个用于可视化 GROMACS 的 xvg 和 xpm 文件的命令行工具，包含 30+ 个命令。使用此技能来处理 GROMACS 模拟结果文件的可视化和数据处理。当用户需要可视化 xvg/xpm 文件、生成 mdp 模板、处理索引文件或执行其他 MD 分析任务时调用此技能。

为不同分子体系（蛋白质、脂质膜、有机小分子、碳水化合物等）选择合适的力场和水模型。使用此技能来获取 MD 模拟中的力场推荐，包括蛋白质、核酸、脂质、有机小分子、碳水化合物、无机离子等体系。当用户需要为特定体系选择力场或询问力场相关问题时调用此技能。