Paper → Survey Vault Skill

Paper → Survey Vault

把 Zotero 提取的论文 .text 文件转换为 Obsidian 知识库笔记。支持两种产出模式：

| 模式 | 用途 | 文件名后缀 | |------|------|------------| | 快速摘要 (~1000 字) | 知识库索引、回顾入口 | <Title>.md | | 完整 Markdown | 深入阅读、引用骨架 | <Title> - Full.md |

两种模式互补，可以独立调用或顺序进行（先摘要，再追加全文）。

触发条件

用户提供 /Users/zhaoliang/Zotero/storage/<ID>/<n>.text 路径并要求：

"总结这篇文章"、"写一千字摘要"、"中文摘要"
"整理成 Markdown"、"全文转 Markdown"、"convert to markdown"
"summarize this paper"、"做成 vault 笔记"

如果用户也指出目标目录（例如 pages/），按指示走；否则按本 skill 的默认 pages/ 走。

Phase 1: 读取与预处理

已知坑 #1：CR 换行符。Zotero 的 .text 经常用旧 Mac CR 换行符，wc -l 会显示 0 行，Read 工具会因 "very long lines" 失败。

file /Users/zhaoliang/Zotero/storage/<ID>/<n>.text
# 若结果含 "with CR line terminators":
tr '\r' '\n' < /Users/zhaoliang/Zotero/storage/<ID>/<n>.text > /tmp/zotero_lf.txt
wc -l /tmp/zotero_lf.txt

之后用 Read 工具按 offset / limit 分段读 /tmp/zotero_lf.txt，每次 ≤200 行（约 25K tokens 上限）。可以并行 Read 多段加速。

Phase 2: 快速摘要（默认）

通读结构

按顺序识别：abstract、sections（编号 ^\d+\s+ 或 ^\d+\.\d+）、tables / figures（Table X. / Fig. X.）、references（通常在末尾，^\[\d+\] 起头）、conclusion。

撰写中文摘要（~1000 字）

固定覆盖：

论文基本信息：标题、作者机构、年份、venue、页数
核心问题与定义（如果作者给出了定义，直接引用）
主要方法 / 分类法 / 贡献（保留分类标签的精确名称，如 "MAESTRO"、"ATFAA"）
关键发现或权衡（用加粗标出核心术语）
结论与未来研究方向

写作风格：段落 + 加粗子标题 而不是大量 bullets，便于回顾时扫读。

专有名词标注规则：被翻译成中文的技术术语，在首次出现时用全角括号补上英文原文，形如 中文术语（English Term）。例如 "双用途困境（dual-use dilemma）"、"四层模型（Four-Layer Model）"、"涌现共谋（emergent collusion）"。

后续出现不重复标注
已是英文/缩写的不动：LLM、SOC、API、NIST、Agentic AI、框架名 ATFAA/MAESTRO/OWASP 等
用全角括号 （） 而非半角 () 以符合中文排版

询问保存方式

用 AskUserQuestion 一次性问保存位置 + 标签：

Q1: 保存到哪里？
  - pages/<Title>.md (推荐)
  - research/<Title>.md
  - 不保存，仅显示
Q2: 用哪个标签？
  - 从 CLAUDE.md 现有标签列表选一个 (machine-learning / research-note / programming / reference)
  - 新建跨学科标签 (如 ai-cybersecurity)

已知坑 #2：CLAUDE.md 的标签体系是按单一学科分的（research-note 仅指 NDN/ICN/SDN 网络研究）。AI × 安全、ML × 系统等交叉论文不要硬塞进现有标签——直接新建标签更合理。如果新建了，记得保存到项目 memory。

Phase 3: 写入 Vault

Frontmatter 规范

参考 /Users/zhaoliang/LocalDocuments/vaults/survey-vault/CLAUDE.md：

---
aliases: ["<英文长标题>", "<短引用如 Lazer 2026>"]
created: YYYY/MM/DD, HH:MM:SS
modified: YYYY/MM/DD, HH:MM:SS
tags:
  - <分类标签>
title: "<英文长标题或主题>"
---

已知坑 #3：用户经常在保存后手动调整 frontmatter（改 title 为完整英文长标题、加 aliases）。如果看到 PostToolUse hook 提示文件被修改，沿用最新版本，不要回滚。

文件命名

按 CLAUDE.md "有明确主题的文件" 规则用描述性英文：

好：Agentic AI Cybersecurity Survey.md
差：20260516 paper.md（无主题信息）

正文骨架（快速摘要模式）

# <Title>

**Authors:** ...
**Year / Venue:** ...
**Source PDF:** [[<PDF wiki-link>]]

> [!abstract]
> <1000 字中文摘要>

## 来源
`/Users/zhaoliang/Zotero/storage/<ID>/<n>.text`

Phase 4: 完整 Markdown 整理（按需）

用户请求 "全部整理"、"全文 Markdown"、"convert full paper" 时进入此阶段。

询问三个关键选项

用 AskUserQuestion 一次性问：

Q1: 保存位置？
  - pages/<Title> - Full.md (推荐，与摘要文件并存)
  - research/
  - 覆盖现有摘要文件
Q2: 参考文献（通常 100-200 条）怎么处理？
  - 全部保留并格式化
  - 只保留正文中高频引用（10-20 条，推荐）
  - 完全去掉
Q3: 表格怎么处理？
  - 重建为 Markdown 表（推荐，但 PDF 提取的表常碎片化）
  - 仅保留表标题与表说明（最稳妥）
  - 仅保留表名

统计高频引用

正文中的 [N] 引用频次能反映核心参考：

# 假设 references 段从第 530 行开始
awk 'NR<=530' /tmp/zotero_lf.txt \
  | grep -oE '\[[0-9]+(, *[0-9]+)*\]' \
  | tr -d '[]' | tr ',' '\n' | tr -d ' ' \
  | sort | uniq -c | sort -rn | head -20

取频次 ≥6 的 ID 作为 selected references（具体阈值按论文调整）。

提取对应 References 条目

awk 'NR>=531' /tmp/zotero_lf.txt \
  | grep -E '^\[(15|23|24|27|37|41|60|61|76|85|97|115|118|122|164|165|187)\]'

已知坑 #4：有的 [N] 条目在前一条的同一行末尾（PDF 排版导致），grep 起点要精确，必要时用 grep -n '<id>' 全文反查。

结构化 Markdown 模板

---
aliases: ["<长标题>", "<短引用 Full>"]
created: <ts>
modified: <ts>
tags: [<标签>]
title: "<长标题>"
---

# <Title>

**Authors:** ...
**Year / Venue:** ...
**Source PDF:** [[<PDF>]]
**Short summary:** [[<短摘要笔记>]]

> [!abstract]
> <原文 abstract 翻译>

---

## 1. Introduction
<原文 Section 1 中文整理，保留 [N] 引用编号>

---

## 2. Related Work
...

> **Table 1.** <表名> — *<表说明，仅保留标题与说明>*

---

## 3. <Section>
### 3.1 <Subsection>
**3.1.1 <Subsub>.** <段落整理>

> **Fig. X.** <图说明>

---

## ... 各章节 ...

### Key Takeaways from Section N
- ...

---

## Selected References

> 仅保留正文中高频引用（按频次排序）。完整 ~N 条参考请见原 PDF。

- **[118]** <Author>. <Year>. *<Title>*. <URL>（引用 15×）
- ...

---

## 来源

- **原始 PDF**：`/Users/zhaoliang/Zotero/storage/<ID>/<n>.text`
- **DOI**: ...

章节排版细节

一级章节用 ## N. Title
子节用 ### N.M Title
子子节用加粗段首 **N.M.K Topic.**（沿用论文风格）
Figure / Table 用 blockquote > **Fig. X.** ...
对话片段（如红蓝队 Round 1/2）用 blockquote 保持原话
Key Takeaways 用 bullet list

Phase 5: 关联与记忆

两个文件互链

短摘要的 frontmatter 加：Full version: [[<Title> - Full]]
全文的 frontmatter 加：Short summary: [[<Title>]]

新标签 / 新约定 → 项目 memory

如果引入了 CLAUDE.md 之外的新标签（如 ai-cybersecurity），在 /Users/zhaoliang/.claude/projects/-Users-zhaoliang-LocalDocuments-vaults-survey-vault/memory/ 写一条 project 类型 memory，并在 MEMORY.md 索引中加一行。

已知坑速查

| # | 问题 | 解决 | |---|------|------| | 1 | .text 是 CR 换行，Read 失败 | tr '\r' '\n' 转换到 /tmp/zotero_lf.txt | | 2 | 跨学科论文不匹配现有标签 | 询问用户后新建标签，保存到 memory | | 3 | 用户手动调过 frontmatter | PostToolUse hook 提示后沿用最新版，不回滚 | | 4 | References 条目跨行（[N] 在前条尾部） | 用 grep -n 全文反查精确行 | | 5 | PDF 表格被 OCR 切碎 | 默认仅保留标题 + 说明，不要强行重建 | | 6 | 文件 >25K tokens | 分段 Read（每次 ≤200 行）；可以并行多个 Read | | 7 | 大段写入会触发 vault formatter (PostToolUse hook) | 正常，写完看新版即可 |

触发示例

「/Users/zhaoliang/Zotero/storage/MEGP42RJ/1.text 总结这篇文章，写一千字中文摘要」→ Phase 1-3
「再把刚才那篇全部整理成 Markdown」→ Phase 4-5
「这篇论文做成 vault 笔记 + 全文整理」→ Phase 1-5 顺序执行

不要做的事

不要给空文件或仅含 frontmatter 的笔记加 Related: [[X]] 链接
不要修改用户调整过的 aliases / title
不要把 PDF 提取错乱的表格"猜着重建"——宁可保留标题与说明
不要为了凑字数把摘要写到 2000 字，1000 字左右就是最佳
不要默认保存——总是先问保存位置

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