Agent Skills: restructure

フォルダ構造をシンプルにしてください。

• 間接的に利用されるものは packages に配置する。
• 直接実行可能なものは app に配置する。
• パス変更に伴う参照修正を行う。
• 最後に動作確認し、残った構造上の負債を報告する。