paper-narrative-rearrange
对科研文稿进行润色或语言重新组织。
jupyter-notebook
Use when the user asks to create, scaffold, or edit Jupyter notebooks (`.ipynb`) for experiments, explorations, or tutorials; prefer the bundled templates and run the helper script `new_notebook.py` to generate a clean starting notebook.
bioinformatics-log-resume
为生物信息学多样本批处理脚本设计、实现或审查基于日志的断点续跑。用于 bash/shell 主控脚本需要支持中断后重跑、并行写日志防竞争、按样本写入 success.log 和 fail.log、并且明确禁止通过扫描输出目录或输出文件判断完成状态的场景。适用于给现有流水线补加断点续跑、重构样本循环、或检查实现是否只依赖日志判定完成。
code-visualization-palette
用于代码驱动的数据可视化配色约束。凡是生成、修改、审查或解释 Python、R 及其他绘图库的可视化代码或图形样式时都应使用本技能，并强制按照基于 color.md 整理的规则选择离散、连续单色或连续双色配色并生成所需数量的颜色。若用户已经手动指定新的颜色、新的色板或新的配色方案，则不使用本技能。
gotree-phylogenetic-tree
使用 Gotree 命令行对系统发育树进行读取、检查、重定根、修剪、重命名、格式转换、支持度与枝长处理、折叠、比较、绘图、距离矩阵导出、随机树生成与远程下载上传。适用于 Newick、NEXUS、PhyloXML、Nextstrain/Augur v2 树文件的批处理、管道式工作流和终端自动化；涉及多序列比对请改用 goalign，涉及 Python 树分析请按需使用 biopython 或 scikit-bio。
pipeline-coding-standard
编写或者修改代码至符合规范科研和数据处理的流水线(pipeline)。仅适用于科研、分析pipeline；不要用于普通单文件小工具、Web 前端、通用库开发或 Notebook 探索分析。
pipeline-job-splitting
将已有的粗粒度科研、分析或生物信息学管线拆分为多个细粒度单核 HPC 子任务。用于 bash/shell 主控流程需要按样本列表、区域列表、染色体列表或其他任务清单切分，并为每个子任务生成独立配置文件和调度脚本的场景。适用于 LSF 优先的 HPC 提交重构、细粒度任务提交、粗粒度任务拆解为多个单核子任务、high-throughput submission、job splitting 或 scatter 风格改造。默认保留原有分析逻辑，只重构任务切分、配置派生与手动作业提交层。
python-dual-mode
将既有或新编写的 Python 脚本重构为双模式模块，用于稳定、可维护的数据处理流。
python-plot-editable-fonts
在Python数据可视化输出中强制使用可编辑的矢量字体文本。凡是在创建或修改Python绘图代码时（matplotlib、seaborn、pandas绘图库），均应使用这一设置，以确保导出的PDF/PS/SVG图像保留可编辑文本状态，避免将字形转换为路径。
r-pheatmap-pairwise-matrix
使用pheatmap包生成R代码以进行配对矩阵可视化。当用户明确要求生成R的pheatmap热图，针对配对矩阵，并在输入矩阵以矩阵形式、tidylong表或tidywide数据框传输，以及可能添加行和列的样本-组别标注时，请使用此类代码。
r-style
编写、生成、修改、补充、优化 R 代码时使用此 skill。凡是用户请求涉及 R 语言脚本、R 分析代码、R 可视化代码、R 数据处理代码，或者用户说"用 R 写"、"R 代码"、"写个 R 脚本"时，必须遵循本 skill 的风格规范。
tidyplots-plot-builder
生成和修复基于 tidyplots 的 R 绘图工作流。用于用户要求使用 tidyplots 包进行绘图、改图、配色优化、统计标注、分面输出、导出 PDF/PNG、多图排版、报错排查（如找不到函数/包）等场景。输入可以是数据结构描述、列名、目标图形类型、风格约束或期刊图规范。
clinvar-database
查询NCBI ClinVar变异临床意义数据库。按基因/位置搜索，解释致病性分类，通过E-utilities API或FTP访问，注释VCF文件，用于基因组医学。
ensembl-database
查询Ensembl基因组数据库REST API，覆盖250多个物种。基因查找、序列检索、变异分析、比较基因组学、同源基因、VEP预测，用于基因组研究。
gene-database
通过E-utilities/Datasets API查询NCBI基因数据库。按基因符号/ID搜索，获取基因信息(RefSeqs、GO、位置、表型)，批量查找，用于基因注释和功能分析。
geo-database
访问NCBI GEO基因表达/基因组数据库。搜索/下载微阵列和RNA测序数据集(GSE、GSM、GPL)，获取SOFT/Matrix文件，用于转录组学和表达分析。
gwas-database
查询NHGRI-EBI GWAS目录中的SNP-性状关联。通过rs ID、疾病/性状、基因搜索变异，获取p值和汇总统计信息，用于遗传流行病学和多基因风险评分。
pubmed-database
直接访问PubMed REST API。高级布尔/MeSH查询、E-utilities API、批量处理、引文管理。对于Python工作流，建议使用biopython (Bio.Entrez)。此技能适用于直接HTTP/REST操作或自定义API实现。
uniprot-database
直接访问UniProt REST API。蛋白质搜索、FASTA序列获取、ID映射、Swiss-Prot/TrEMBL数据库。对于涉及多个数据库的Python工作流，建议使用bioservices（统一接口覆盖40多个服务）。此技能适用于直接HTTP/REST操作或UniProt特定控制。
anndata
单细胞分析中带注释矩阵的数据结构。用于处理.h5ad文件或与scverse生态系统集成。这是数据格式技能——用于分析工作流请使用scanpy；用于概率模型请使用scvi-tools；用于群体规模查询请使用cellxgene-census。
biopython
综合分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析(FASTA/GenBank/PDB)、系统发育学和程序化NCBI/PubMed访问(Bio.Entrez)。最适合批处理、定制生物信息学管道、BLAST自动化。快速查找请使用gget；多服务集成请使用bioservices。
gget
快速CLI/Python查询20+生物信息学数据库。用于快速查找：基因信息、BLAST搜索、AlphaFold结构、富集分析。最适合交互式探索、简单查询。批处理或高级BLAST请使用biopython；多数据库Python工作流请使用bioservices。
pydeseq2
差异基因表达分析(Python DESeq2)。从bulk RNA-seq计数中识别差异表达基因，Wald检验，FDR校正，火山图/MA图，用于RNA-seq分析。
pysam
基因组文件工具包。读写SAM/BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件、FASTA/FASTQ序列，提取区域，计算覆盖度，用于NGS数据处理管道。
scanpy
标准单细胞RNA-seq分析管道。用于质控、标准化、降维(PCA/UMAP/t-SNE)、聚类、差异表达和可视化。最适合具有成熟工作流的探索性scRNA-seq分析。深度学习模型请使用scvi-tools；数据格式问题请使用anndata。
scikit-bio
生物数据工具包。序列分析、比对、系统发育树、多样性度量(alpha/beta, UniFrac)、排序(PCoA)、PERMANOVA、FASTA/Newick I/O，用于微生物组分析。
scvi-tools
单细胞组学深度生成模型。当需要概率批次校正(scVI)、迁移学习、带不确定性的差异表达或多模态集成(TOTALVI, MultiVI)时使用。最适合高级建模、批次效应、多模态数据。标准分析管道请使用scanpy。
opencli-explorer
Use when creating a new OpenCLI adapter from scratch, adding support for a new website or platform, or exploring a site's API endpoints via browser DevTools. Covers API discovery workflow, authentication strategy selection, YAML/TS adapter writing, and testing.
opencli-oneshot
Use when quickly generating a single OpenCLI command from a specific URL and goal description. 4-step process — open page, capture API, write YAML adapter, test. For full site exploration, use opencli-explorer instead.
opencli-operate
Make websites accessible for AI agents. Navigate, click, type, extract, wait — using Chrome with existing login sessions. No LLM API key needed.
opencli-repair
Diagnose and fix broken OpenCLI adapters when websites change. Use when an opencli command fails with SELECTOR, EMPTY_RESULT, API_ERROR, or PAGE_CHANGED errors. Reads structured diagnostic output and uses browser automation to discover what changed and patch the adapter.
opencli-usage
Use when running OpenCLI commands to interact with websites (Bilibili, Twitter, Reddit, Xiaohongshu, etc.), desktop apps (Cursor, Notion), or public APIs (HackerNews, arXiv). Covers installation, command reference, and output formats for 79+ adapters.
smart-search
基于 opencli 命令的智能搜索路由器。当用户想要搜索、查询、查找或研究信息时，尤其是涉及指定网站、社交媒体、技术资料、新闻、购物、旅游、求职、金融或中文内容时，务必使用此 skill
用于提取文本与表格、创建新 PDF、合并/拆分文档以及处理表单的综合 PDF 操作工具包。当需要填写 PDF 表单，或以编程方式批量处理、生成或分析 PDF 文档时使用。
citation-management
用于学术研究的综合文献引用管理工具。可搜索 Google Scholar 和 PubMed 论文数据库，提取准确的元数据，验证引用信息，并生成规范格式的 BibTeX 条目。当需要查找论文、核对引用信息、将 DOI 转换为 BibTeX，或在科学写作中确保参考文献准确性时，应使用此功能。
clinical-decision-support
用于制药和临床研究环境中生成专业临床决策支持（CDS）文档，包括患者队列分析（基于生物标志物分层并结合结局分析）以及治疗推荐报告（基于循证指南并包含决策算法）。支持 GRADE 证据分级、统计分析（如风险比、 生存曲线、瀑布图）、生物标志物整合以及监管合规要求。输出为可发表级别的 LaTeX/PDF 格式，针对药物开发、临床研究和证据综合进行了优化。
clinical-reports
用于撰写全面的临床报告，包括病例报告（遵循 CARE 指南）、诊断报告（影像学/病理学/实验室）、临床试验报告（ICH-E3、SAE、CSR）以及患者文书（SOAP 记录、病史与体格检查 H&P、出院小结）。提供完整模板支持、监管合规（HIPAA、FDA、ICH-GCP）以及验证工具。
docx
文档工具包（.docx）。用于创建/编辑文档、处理修订跟踪、批注、保留格式、提取文本，适用于专业级文档处理。
pptx
演示文稿工具包（.pptx）。可创建/编辑幻灯片、版式、内容、演讲者备注和批注，用于以编程方式创建和修改演示文稿。
generate-image
Generate or edit images using AI models (FLUX, Gemini). Use for general-purpose image generation including photos, illustrations, artwork, visual assets, concept art, and any image that isn't a technical diagram or schematic. For flowcharts, circuits, pathways, and technical diagrams, use the scientific-schematics skill instead.
hypothesis-generation
Generate testable hypotheses. Formulate from observations, design experiments, explore competing explanations, develop predictions, propose mechanisms, for scientific inquiry across domains.
latex-posters
使用 LaTeX（如 beamerposter、tikzposter 或 baposter）创建专业科研海报。支持会议展示、学术海报和科学传播。包含版式设计、配色方案、多栏布局、图形整合，以及面向海报视觉传达的最佳实践。
literature-review
使用多个学术数据库（如 PubMed、arXiv、bioRxiv、Semantic Scholar 等）开展全面、系统化的文献综述。适用于系统综述、Meta 分析、研究综合，或跨生物医学、科学和技术领域的全面文献检索。可生成包含已验证引用的专业格式 Markdown 文档和 PDF，支持多种引用格式（如 APA、Nature、Vancouver 等）。
market-research-reports
描述：生成全面的市场研究报告（50 页以上），风格参考顶级咨询公司（如 McKinsey、BCG、Gartner）。具备专业的 LaTeX 排版、大量基于科学示意图和图像生成的可视化内容、与 research-lookup 深度集成以进行数据收集，以及多框架战略分析能力，包括波特五力模型（Porter’s Five Forces）、PESTLE 分析、SWOT 分析、TAM/SAM/SOM 市场规模分析和 BCG 矩阵。
markitdown
将文件和办公文档转换为 Markdown。支持 PDF、DOCX、PPTX、XLSX、图片（含 OCR）、音频（含转录）、HTML、CSV、JSON、XML、ZIP、YouTube 链接、EPub 等多种格式。
notion-knowledge-capture
Capture conversations and decisions into structured Notion pages; use when turning chats/notes into wiki entries, how-tos, decisions, or FAQs with proper linking.
notion-meeting-intelligence
Prepare meeting materials with Notion context and Codex research; use when gathering context, drafting agendas/pre-reads, and tailoring materials to attendees.
sci-figure-captioner
撰写或者优化SCI图注，适用于“根据SCI插图撰写图注/润色图注/按A-B-C面板写图注”等请求。
notion-research-documentation
Research across Notion and synthesize into structured documentation; use when gathering info from multiple Notion sources to produce briefs, comparisons, or reports with citations.
notion-spec-to-implementation
Turn Notion specs into implementation plans, tasks, and progress tracking; use when implementing PRDs/feature specs and creating Notion plans + tasks from them.
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