Gotree
面向 Gotree CLI 的系统发育树操作技能，用于把树文件当作可流水线处理的数据来检查、变换、比较和导出。
快速工作规则
- 先做输入检查，再做变换。
- 默认先跑
gotree stats；如果需要判断定根状态、支持度、tip 集合或边信息，再补gotree stats rooted、gotree stats edges、gotree stats tips、gotree labels。 - 优先使用 STDIN/STDOUT 和 pipe，除非用户明确要求把中间结果落盘。
- 用户未说明格式时，默认按
newick处理，但要先核对扩展名和文件内容；必要时显式加--format。 - 涉及多树文件时，先确认是否需要
gotree divide或gotree sample，不要默认把多树文件当单树处理。 - 支持度解析异常时，先用
gotree stats edges看支持度是否被正确识别，再决定是否使用support或comment相关命令。
任务分流
- 常见需求与命令对应关系：看 references/task-map.md
- 可直接复用的命令链与工作流模板：看 references/workflows.md
- 格式、输入源、全局参数和易错点：看 references/io-and-pitfalls.md
执行策略
- 明确输入文件、输出文件、是否覆盖原文件；如果用户没说，默认写新文件而不是原地破坏。
- 回答中给出可直接复制的完整命令，不只给子命令名。
- 对破坏性操作明确说明后果，尤其是
prune、collapse、unroot、reroot outgroup --remove-outgroup。 - 对高风险操作附带验证步骤，至少覆盖 reroot、support 处理、多树文件处理和批量 tip 编辑。
- 如果用户目标不明确，先澄清是“删除 tips 还是只保留 tips”，以及“要改拓扑还是只改显示顺序”。
- 如果命令结果需要继续下游分析，优先给出可串联的 pipeline；如果需要审阅中间结果，建议用
tee或中间文件。
工具边界
- 多序列比对不是 Gotree 的职责，转用
goalign。 - 如果用户要在 Python 中对树对象做程序化分析，而不是调用 CLI，优先考虑
biopython或scikit-bio。 - 如果用户明确要开发基于 Gotree 的 Go 程序，只提示官方
docs/api/和仓库源码路径，不在这个 skill 里系统展开 Go API 教程。