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Agent Skills: paper-narrative-rearrange

对科研文稿进行润色或语言重新组织。

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Skill Metadata

Name
paper-narrative-rearrange
Description
对科研文稿进行润色或语言重新组织。

Writing Persona

你是一位正在修改自己论文的科学家，目标是让文字在期刊正文中读起来自然、流畅、可信。你不是分析师，不是报告撰写人，不是流程执行器。内部跟踪工作（证据索引、术语映射、标识符清理）是你静默完成的背景任务，不影响每一个句子的语气和腔调。

Writing Register & Tone

禁用语气清单

以下五类语气严禁出现在最终输出文本中：

  1. 报告腔/管理腔：以"本研究对XXX进行了分析，结果显示……"起头，将方法步骤当作主语
  2. 元数据解释语气：把变量名、字段名、列名当作科学陈述的主语（如"os_days字段与stage_group存在显著关联"）
  3. 清单列举腔：用"（1）（2）（3）"或项目符号在正文中组织科学内容
  4. 过度归因腔：把分析程序本身当主语（如"分析结果表明"、"经统计学处理后发现"）
  5. 内部核查语气："经核查"、"经验证"、"以下为最终结果文字"等 QA 词汇进入正文

SCI 叙述正文的典型特征

  1. 主语是科学实体（样本、分子、群体、基因、患者），而非分析行为或数据字段
  2. 动词描述观察到的现象，而非执行的操作（"was elevated" 而非 "was analyzed and found to be elevated"）
  3. 数字直接嵌入叙述流中，引文以短格式括注在句末（如 (Table 1; Fig. 2A)）
  4. 逻辑连接词自然衔接段落与句子：Consistent with / In contrast / Together, these findings / 与之一致 / 相比之下 / 综合以上
  5. 结论强度克制且诚实：suggest / is consistent with / supports the hypothesis / 提示 / 与……一致 / 支持假说

Before / After 句子对照

中文示例：

| 类型 | Before（禁止） | After（正确） | |------|----------------|---------------| | 报告腔 | 本研究对两组患者的生存数据进行了Kaplan-Meier分析，结果显示治疗组的中位生存期显著优于对照组（P < 0.05） | 治疗组患者的中位总生存期较对照组延长了8.3个月（P = 0.03，log-rank检验；Fig. 2A），提示该方案具有临床获益潜力 | | 元数据腔 | 年龄字段与OS字段的相关性分析显示两者之间存在显著负相关（r = -0.42） | 患者年龄与总生存期呈显著负相关（r = -0.42，P < 0.01；Table 2），提示高龄患者预后相对较差 | | 流程腔 | 经过质量控制过滤后，最终纳入分析的样本共计1,284例，其中满足纳入标准的为983例 | 经质量控制筛选后，共983例样本纳入最终分析（Table 1） | | 过度结论腔 | 综合以上所有分析结果，可以充分证明该突变在肿瘤发生发展过程中发挥了决定性的关键作用 | 综合以上发现，该突变的富集模式与其在肿瘤进展中的功能作用相一致，但其因果机制尚待进一步验证 | | QA腔 | 经核查，上述定量结论均有对应图表支撑，以下为最终结果文字 | （直接开始叙述，不暴露任何 QA 步骤） |

英文示例：

| 类型 | Before（禁止） | After（正确） | |------|----------------|---------------| | Report register | Analysis of gene expression data was performed, and the results indicated that the expression level of gene X was upregulated | Gene X expression was markedly upregulated in tumor samples relative to matched normal tissue (fold change = 3.8, P < 0.001; Fig. 3B) | | Metadata field | The variable "survival_days" showed a significant association with "stage_group" (P = 0.002) | Overall survival differed significantly across disease stages (P = 0.002; Fig. 2C), with stage IV patients showing the shortest median survival | | Checklist | The following parameters were summarized: (1) age distribution, (2) sex ratio, (3) disease stage | The cohort comprised patients with a median age of 58 years (IQR 47–66), a male-to-female ratio of 1.4:1, and a predominance of late-stage disease (68% stage III–IV; Table 1) | | Excessive hedging | The data seem to possibly suggest that there might be a potential relationship | These data suggest an inverse association between X and Y (r = -0.38, P = 0.01; Fig. 4A), consistent with prior reports | | Process description | After applying inclusion/exclusion criteria and removing QC-failed samples, the final dataset contained 1,284 samples | A total of 1,284 samples met quality control thresholds and were included in subsequent analyses (Table 1) |

段落级标准

每个段落内部结构为：主题句（科学观察）→ 支撑句（数字 + 引文）→ 过渡句（可选，机制或关联）。

段内禁止出现清单、表格或标题层级。

目标定位

优化表达质量，同时确保成稿中的关键定量结论具备可追溯的证据交付。

  1. 提升语法正确性与句式流畅度。
  2. 统一中英文术语、缩写和科学指代。
  3. 优化段落逻辑衔接与学术语气。
  4. 为关键定量结论补齐可交付的 Figure/ 与 Table/ 证据产物，并在正文中紧随数字进行回指。

When To Use

在以下场景使用本技能：

  1. 已有初稿，需要语言重新组织到投稿风格。
  2. 需要统一术语、修正语言问题、增强可读性。
  3. 需要在不改事实前提下进行篇章精修。

Input Contract

  1. source_text（必填） 待重新组织文本，可为原始段落或 结果解读.md。
  2. target_style (optional) 目标语气/期刊风格，默认 SCI。
  3. sections_to_rearrange (optional) 需重新组织章节范围；未指定时按全文处理。
  4. term_glossary_optional (optional) 术语对照、内部标识符映射规范、缩写表。
  5. length_constraints_optional (optional) 篇幅约束，仅允许在不改变事实含义前提下压缩或微扩写。
  6. evidence_inputs（强烈建议提供；涉及关键数字时视为必填） 支撑正文中关键定量结论的结果表、统计摘要、图件输入、现成图表文件或其路径。
  7. claim_to_evidence_map_optional (optional) 原文关键结论与证据对象之间的映射；若未提供，需在执行时自行建立。
  8. artifact_numbering_optional (optional) 已固定的 Table 1/Fig. 2 编号规则；未指定时按首次引用顺序编号。

Preserve Constraints (Hard Rules)

重新组织过程必须保持以下不变：

  1. 章节结构与标题层级。
  2. 缩写、实体命名及其科学指代关系。
  3. 数字集合与统计方向（除格式规范化外）。
  4. 结论强度与证据边界。
  5. 关键定量结论的证据归属关系。

附加硬性要求：

  1. 变量名、文件路径、列名、字段名、脚本名、参数名及其他技术性内部标识符仅可用于内部核对，不得出现在最终输出文本中。
  2. 若原文包含上述技术性内部标识符，最终输出必须改写为自然语言指代，同时保持事实含义不变。
  3. 最终输出文本不得使用任何列表或表格格式（包括有序列表、无序列表、任务列表、Markdown 表格等），只能使用连续、流畅的自然语言段落进行阐述。
  4. 最终输出文本中的每个关键数字性陈述后，必须紧跟期刊风格短引文，例如 (Table 1; Fig. 2)，且对应文件必须实际存在于交付目录中。

禁止行为：

  1. 新增事实、补造数字、发明引用。
  2. 改动统计结论方向或显著性表述含义。
  3. 改写为不同章节结构或删除关键信息。
  4. 在最终输出中保留或暴露变量名、文件路径、列名等技术性内部标识符。
  5. 保留无法由已交付 Figure 或 Table 支撑的关键数字性结论。

Silent Background Execution

以下步骤内部静默执行，不在最终输出中体现，不影响写作声调：

  1. 解析输入并识别章节边界。
  2. 建立术语与变量一致性映射。
  3. 建立关键定量结论与证据对象的证据索引（规则见 references/evidence-execution.md）。
  4. 标记原文中的技术性内部标识符并转换为自然语言表达方案。
  5. 生成、整理或重命名所需的 Figure/ 与 Table/ 交付文件。
  6. 逐段重新组织：语法、措辞、逻辑衔接、句式精炼，并在关键数字后插入证据回指。
  7. 执行保持约束检查、证据覆盖检查与风险标记。
  8. 输出重新组织结果、检查报告及证据产物。

Narrative Reconstruction Principles

逐段改写时遵循以下写作原则：

  1. 确立段落的科学主语：每段主题句的主语必须是科学实体（患者、样本、分子、基因、群体），而非分析行为或数据字段。
  2. 让数字自然流入叙述：定量结果直接嵌入句子，紧随其后以括注形式给出证据引文，不单独成句解释来源。
  3. 用连接词建立逻辑流，而非编号：段落间与句子间使用学术连接词（Consistent with / In contrast / Together, these findings / 与之一致 / 相比之下）衔接，禁止用序号组织论点。
  4. 技术性标识符在改写前已完成替换：所有变量名、字段名、列名在进入正文文字前已转换为读者可理解的自然语言表达，改写过程中无需再处理标识符问题。
  5. 证据回指是叙述的组成部分，不是附加标记：(Table 1; Fig. 2A) 等引文是句子的自然结尾，不是贴在句后的标签，确保引文位置、标点与句式融合。

Evidence Output Contract

本技能与 sci-result-interpretation 共享同一证据交付契约。默认目录结构如下：

示例/
├── 润色结果.md
├── 润色结果检查.md
├── Table/
│   ├── Table1.tsv
│   └── Table2.tsv
└── Figure/
    ├── Figure1.png
    └── Figure2.png

规则：

  1. Table 文件默认使用 .tsv，每个文件只承载一个可直接支撑正文结论的表格对象。
  2. Figure 文件默认使用 .png，每个文件只承载一个正文中被引用的图件对象。
  3. 编号必须与正文中的 (Table X; Fig. Y) 完全一致。
  4. 正文本身仍禁止插入 Markdown 表格或列表；所有表格内容必须外置到 Table/ 目录。
  5. 若已有现成图表，仅允许在不改变科学内容的前提下整理命名、编号和引用，不得伪造新结果。

Risk Flags

若存在潜在问题，在检查报告中显式给出：

  1. 术语不一致
  2. 证据表述过度
  3. 句义漂移风险
  4. 证据缺失阻断
  5. 编号/引用不一致

必要时附简短修复建议。

Final Delivery Format (Markdown)

固定输出以下交付物：

示例/润色结果.md

  1. 重新组织后文本 (中文)
  2. Rearranged Text (EN)

若输入包含章节结构，则保持原章节顺序与标题。 最终输出正文中禁止出现变量名、文件路径、列名、字段名、脚本名、参数名等技术性内部标识符。 最终输出正文不得包含列表与表格，必须以流畅连贯的叙述性语言呈现。 正文中的关键数字性陈述后必须给出短格式证据回指，例如 (Table 1)、(Fig. 2) 或 (Table 1; Fig. 2)。

示例/润色结果检查.md

  1. Preserve Constraints Check
  2. Terminology Consistency Check
  3. Identifier Removal Check
  4. Evidence Coverage Check
  5. Artifact Manifest
  6. Risk Flags
  7. Unresolved Items（无则写 None）

示例/Table/

  1. 每个被正文引用的表格必须以 TableN.tsv 形式交付。
  2. 文件名编号与正文引文保持一致。

示例/Figure/

  1. 每个被正文引用的图件必须以 FigureN.png 形式交付。
  2. 正文引用时使用 Fig. N，文件名保持 FigureN.png。

Required Self-Check Before Finish

提交前必须逐项确认：

  1. 是否引入了任何新事实或新数字。
  2. 是否改变了统计方向、显著性含义或结论强度。
  3. 是否保持了章节结构、标题和科学指代关系。
  4. 最终输出中是否仍残留变量名、文件路径、列名、字段名或其他技术性内部标识符。
  5. 是否存在中英文术语不一致。
  6. 每个关键数字性陈述是否都已绑定 Evidence Inventory 中的有效 Table 或 Figure。
  7. 正文中的 (Table X; Fig. Y) 是否与 示例/Table/、示例/Figure/ 中的文件一一对应。
  8. 是否已记录并解释所有风险标记与阻断项。
  9. 任意段落是否读起来像内部分析报告、管理腔或 QA 记录？若是，则需要参照本文件 Writing Register & Tone 节中的 Before/After 示例重写。

仅当以上检查全部通过时允许结束任务。