Agent Skills: sci-result-interpretation

目标定位

生成科学内容，不做表达层润色。

1. 产出详细 Methods and Materials。
2. 逐项解读 Results，并给出证据边界内的 Discussion。
3. 输出中英镜像内容、结构化检查文件以及正文所需的 Figure/ 与 Table/ 证据产物。

When To Use

在以下场景使用本技能：

1. 用户要求解读图表、统计检验或模型输出。
2. 用户要求补写或细化方法学细节（数据来源、纳排标准、参数、统计方法、软件版本、复现路径）。
3. 用户要求形成完整的 Methods and Materials + Results + Discussion 草稿。

When Not To Use

在以下场景不要使用本技能：

1. 仅需要措辞优化、语法润色、句式精炼、语气统一。
2. 已有完整论文内容，仅需文风提升或期刊语气打磨。

Input Contract

收集并确认以下输入；缺失时记录到 Missing/Blocked Items，并先完成可执行部分。

1. guidance 用户目标、研究问题、目标期刊偏好、特殊限制。
2. background 研究背景、实验设计、分组定义、关键变量。
3. results 待解读结果（图、表、统计检验、模型输出）。
4. paths 数据目录、代码路径、结果目录、复现相关路径。
5. references_optional (optional) 用户提供的参考文献列表。
6. analysis_skill_docs (optional) 分析专用技能文档路径，如 PCA/生存分析等。
7. target_style (optional) 默认 SCI；用户显式指定时覆盖表达层风格规则。
8. artifact_numbering_optional (optional) 已固定的 Table/Figure 编号方案；未指定时按首次正文引用顺序编号。

Non-Negotiable Defaults

1. 章节固定为 Methods and Materials、Results、Discussion。
2. 每个章节固定为 中文块 -> 英文块。
3. 默认深度为详细解读：结果现象、统计证据、机制解释、局限性都要覆盖。
4. 不得编造数据、流程、参数或引用。
5. 仅使用用户提供文献；缺失时标注 [Citation Needed: ...]。
6. 关键定量结论后默认使用正文短引文 (Table X; Fig. Y)，且对应产物必须已交付。

Execution Order

1. 读取 guidance、background、paths。
2. 读取 results 并建立 Result ID 索引。
3. 为关键定量结论建立 Evidence Artifact Plan。
4. 若存在 analysis_skill_docs，建立分析技能映射并注入必需要素。
5. 先生成或整理 Figure/ 与 Table/ 产物，再写 Methods and Materials、Results 和 Discussion。
6. 在 Results 与 Discussion 的关键定量结论后插入 (Table X; Fig. Y) 证据回指。
7. 执行完整性检查、证据覆盖检查与风格检查；失败则回补并复检。

Build Result Inventory First

在写正文前，创建结果索引并编号。

| Result ID | Source File/Figure/Table | Analysis Type | CN Draft | EN Draft | Coverage | Notes | |---|---|---|---|---|---|---| | R01 | ... | ... | Pending/Done | Pending/Done | Missing/Complete | ... |

执行规则：

1. 每个可识别结果对象单独占一行。
2. Coverage 初始为 Missing，双语解读完成后改为 Complete。
3. 未进入索引的结果视为漏项，不允许结束任务。

Build Evidence Artifact Plan

在写正文前，建立结果对象到交付产物的映射。

| Result ID | Claim Focus | Artifact Type | Source Input | Output File | Citation Form | Status | Notes | |---|---|---|---|---|---|---|---| | R01 | NUMT count and prevalence | Table | cohort_summary.tsv | Table/Table1.tsv | Table 1 | Available/Needs Build/Blocked | ... |

规则：

1. 每个 Result ID 至少映射一个 Table 或 Figure；必要时可同时映射多个产物。
2. Citation Form 在正文中统一使用 (Table X)、(Fig. Y) 或 (Table X; Fig. Y)。
3. Blocked 项必须进入 Missing/Blocked Items，且不得让相关关键结论通过最终检查。

Fuse Analysis-Specific Skills

若 analysis_skill_docs 非空，执行融合流程：

1. 提取每个文档的适用分析类型、必需解释字段和禁止项。
2. 将每个 Result ID 映射到最匹配的分析技能。
3. 冲突优先级：分析解释要求优先，写作框架要求次之。
4. 无匹配时回退到本技能通用高深度框架。

匹配记录表：

| Result ID | Analysis Type | Detection Signals | Matched Skill Doc | Skill Match Score | Required Elements | Status | Uncertainty Note | |---|---|---|---|---|---|---|---| | R01 | PCA | label: PCA; term: PC1/PC2 | PCA-interpretation.md | 88 | Explained variance, separation, loadings | Applied | None |

Write Detailed Methods and Materials

方法学必须“详细可复述”，至少覆盖以下子模块。

1. 数据来源与研究对象：数据来源、时间范围、纳入排除标准。
2. 样本与分组：样本量、分组依据、关键协变量定义。
3. 预处理与质量控制：清洗规则、缺失处理、异常值策略、QC阈值。
4. 分析流程与参数：算法、模型、参数设置、超参数选择逻辑。
5. 统计方法：检验方法、显著性阈值、多重校正策略、效应量指标。
6. 软件与计算环境：软件/包版本、运行环境、关键命令或模块。
7. 复现路径：代码与结果路径、可复现步骤摘要；缺失时显式声明。

要求：

1. 先中文后英文。
2. 中英文语义等价，术语一致。
3. 参数或流程信息缺失时必须声明，不得臆造。

Write Results (Per Result ID)

对每个 Result ID 单独成段，不得合并遗漏。每项至少包含：

1. 结果现象：主要模式、趋势、方向。
2. 统计证据：效应方向/量级 + P 值、区间或模型指标。
3. 分析专用解释：若匹配到专用技能，注入必需解释字段。
4. 领域解释：在证据支持范围内给出机制或生物学含义。
5. 局限说明：偏倚来源、样本限制、方法边界。

完成中文后生成英文镜像段落。凡出现关键数字性结论，必须在句内或句末插入短格式证据回指。

Write Discussion

讨论必须与结果逐项对应并进行综合：

1. 归纳关键发现，不重复堆砌原始数字。
2. 解释潜在机制与理论意义，避免超出证据边界。
3. 比较不同结果间一致性与差异性。
4. 说明局限性、外推边界与潜在偏倚。
5. 提出谨慎可执行的后续研究建议。

要求先中文后英文，结构保持镜像。

Style Validation (Default: SCI)

输出 Style Validation Report，检查：

1. 学术语体是否客观克制。
2. 关键主张是否有数据或统计支撑。
3. Results 与 Discussion 是否分层清晰。
4. 中英文术语、缩写、变量名是否一致。
5. 三大章节与双语是否齐全。

若用户指定非 SCI 风格，仅替换表达层规则，不可覆盖科学底线。

Non-Overridable Scientific Constraints

无论 target_style 为何，都必须满足：

1. 关键结论必须有证据支撑。
2. 禁止超出证据范围外推。
3. 禁止编造数据、流程、引用。
4. 中英文术语与变量命名一致。
5. 缺失信息必须显式声明。
6. 关键数字性结论必须与已交付的 Figure 或 Table 文件一一对应。

Completeness Gate (Hard Stop)

结束前必须通过以下检查：

1. Result ID 全覆盖：全部结果完成中英文解读。
2. 内容要素全覆盖：每条结果均含现象、证据、解释、局限。
3. 章节全覆盖：Methods and Materials、Results、Discussion 全部齐全且双语齐全。
4. 融合检查：匹配到分析技能的结果均已应用专用要求。
5. 证据覆盖检查：所有关键数字性结论都已链接到实际交付的 Figure 或 Table。

失败时必须列缺失项、补写、复检。

Final Delivery Format (Markdown)

固定输出以下交付物：

示例/结果解读.md

1. 方法与材料 (中文)
2. Methods and Materials (EN)
3. 结果 (中文)
4. Results (EN)
5. 讨论 (中文)
6. Discussion (EN)

关键数字性结论后必须使用正文短引文，如 (Table 1)、(Fig. 2) 或 (Table 1; Fig. 2)。

示例/结果解读-完整性检查.md

1. Skill Fusion Log
2. Style Validation Report
3. Completeness Checklist
4. Missing/Blocked Items（无则写 None）
5. Evidence Artifact Plan
6. Artifact Manifest

示例/Table/

1. 每个被正文引用的表格必须以 TableN.tsv 形式交付。
2. 文件名编号与正文引文中的 Table N 完全一致。

示例/Figure/

1. 每个被正文引用的图件必须以 FigureN.png 形式交付。
2. 正文引用统一写作 Fig. N。

Structured Validation Artifacts

Completeness Checklist：

| Result ID | CN Complete | EN Complete | Evidence Present | Mechanism Present | Limitation Present | Skill Fusion Applied | Final Status | |---|---|---|---|---|---|---|---| | R01 | Yes/No | Yes/No | Yes/No | Yes/No | Yes/No | Yes/No | Pass/Fail |

Missing/Blocked Items：

| Item ID | Category | Missing/Blocked Detail | Impacted Sections | Required Action | Owner | Status | |---|---|---|---|---|---|---| | M01 | Data/Stat/Reference/Path/Other | ... | Methods/Results/Discussion | ... | User/Agent | Open/In-Progress/Resolved |

结束条件：

1. Completeness Checklist 全部 Pass。
2. Missing/Blocked Items 全部 Resolved 或为 None。
3. Artifact Manifest 中所有正文引用的 Table/Figure 文件均已存在且编号一致。